In größeren Verbundprojekten und Initiativen kann das ZFF die Koordination übernehmen. Dies umfast bereits die Konzeptphase sowie das Projektmanagement im Allgemeinen und das Innovationsmanagement im Speziellen.

Referenzprojekte sind das Innovationsmanagement des Bioökonomiebündnisses Plant³ mit mehr als 100 Partnern sowie die T!Raum-Initiative One-Health-Region Vorpommern mit aktuell 11 Projekten.